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海洋堪称世界上最庞大的恒化器，能承受巨大的冲击(如污染)而仍保持其生命力和生产力；微生物在其中是不可缺少的活跃因素。自人类开发利用海洋以来，竞争性的捕捞和航海活动、大工业兴起带来的污染以及海洋养殖场的无限扩大，使海洋生态系统的动态平衡遭受严重破坏。海洋微生物以其敏感的适应能力和快速的繁殖速度在发生变化的新环境中形成区系，积极参与氧化还原活动，调整与促进新生态平衡的形成与发展。从暂时或局部的效果来看，其活动结果可能是利与弊兼有，但从长远或全局的效果来看，微生物的活动始终是海洋生态系统发展过程中最积极的一环。
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, L$ a4 j% A% X6 N" Q$ x 海洋循环系统的决定者 " u: i+ ~$ y/ ^3 `5 L
海洋中的大部分微生物都是分解者，但有一部分是生产者，因而具有双重的重要性。实际上，微生物参与海洋物质分解和转化的全过程。微生物在海洋无机营养再生过程中起着决定性的作用。某些海洋能自养细菌，可通过对氨、亚硝酸盐、甲烷、分子氢和硫化氢的氧化过程取得能量而繁殖。在深海热泉的特殊生态系中，某些硫细菌是利用硫化氢作为能源而繁殖的生产者。在深海底部，硫细菌实际上负担了全部初级生产。另一些海洋细菌则具有光合作用的能力。不论异养或自养微生物，其自身的繁殖都为海洋原生动物，浮游动物以及底栖动物等提供直接的营养源。这在食物链上有助于初级或高级的生物生产，
- t2 j" [6 U; q2 o# G* t" g) e# O 微生物们各施其责 8 w0 `. f0 p: F6 A/ Y9 ^; P6 Z2 x
在海洋动植物体表或动物消化道内往往会形成特异的微生物区系，如弧菌等是海洋动物消化道中常见的细菌，分解几丁质的微生物往往是肉食性海洋动物消化道中微生物区系的成员。某些真菌、酵母和利用各种多糖类的细菌常是某些海藻体.上的优势菌群。微生物代谢的中间产物，如抗生素，维生素，氨基酸或毒素等是促进或限制某些海洋生物生存与生长的因素。某些浮游生物与微生物之间存在着相互依存的营养关系。如细菌为浮游植物提供维生素等营养物质，浮游植物分泌乙醇酸等物质作为某些细菌的能源与碳源。
) Z' A( y+ h) o& _ 由于海洋微生物富变异性，故能参与降解各种海洋污染物或毒物，这有助于海水的自净化和保持海洋生态系统的稳定。 5 I6 r S1 ]) v8 g8 f" c- p* J7 g
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